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做微生物研究必懂的otu Table相关知识 卖萌控的博客

Otu群落聚类及相关分析 微基生物

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微生物多样性研究10步走(第一步) Otu聚类与注释 知乎

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微生物多样性分析—otu聚类与注释 知乎

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效率 而且 Otu 在 聚类 过程 中 会 去除 一些 测 序 错误 的 序列 提高 分析 的 准确 性

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Silva 及 Greengene 由于 Greengene 和 Rdp 数据 库 一直 没 有 更新 一般 采用 Silva 数据 库 进行 分析

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的 保留 样品 中 物种 种类 此 分析 过程 可以 用 Qiime 3 软件 完成 具体 如下 图 所 示

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微生物学研究高清图片下载 正版图片600547774 摄图网

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微生物多样性分析—otu聚类与注释 简书

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到 参考 数据 库 当中 确定 嵌合 体 然后 进行 去除 这 一 步 可以 用 Mothur 2 软件 实现

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数据 库 信息 有限 所以 Otu 的 注释 结果 中 常见 到 一些 Uncultured 之类 的 没 有 分类 信息

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了 到 这里 我们 已经 知道 样品 中 的 物种 及其 比例 可以 根据 比例 绘制 Otu 丰度 柱状图 如下

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3 基于otu的热图 : 可以直观展示otu在不同样本或者分组的丰度差异。

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